南平市现辖十个县（市、区），在20世纪初期相继成立了商会。浦城于清光绪三十四年（1908年）十二月成立浦城县商务分会，是我市最早成立商会的。南平（现延平区）于宣统二年（1911年）成立了南平县商会。最晚成立商会的是光泽县，于民国入年（1919年）成立。

1949年8月，中共中央作出《关于组织工商业联合会的指示》后，一些大中城市在改组改造旧商会、旧公会的基础上，相继成立了工商联地方组织。1952年8月，中央人民政府政务院颁布《工商业联合会组织通则》。1953年10月，全国工商联建立。“文革”期间，工商联停止了活动。党的十一届三中全会以后，工商联得到恢复和发展。1949年5月14日南平解放，8月成立南平县工商筹备组，1950年7月7日召开工商界代表大会，正式成立南平县工商联合会，属于闽北最早的工商业联合会组织。1951年至1953年，建阳、建瓯、浦城、邵武、崇安（现武夷山）、顺昌等工商业联合会相继成立。各县所属主要集镇也先后成立了工商联分会，隶属于县工商联。南平县工商业联合会在大横、樟湖、夏道、西芹、王台、峡阳、太平等乡镇建立了分会。此外，南平还有摊贩业委员会（1957年改为小商小贩委员会）共32个行业同业公会，浦城有37个行业同业公会组织。

1958年以前，地区一级不设工商联组织机构，全区性工商联工作与活动均在地委统战部统一部署下进行。为适应形势与任务的需要，1958年6月，成立了南平专区工商界自我改造检查评比领导小组，组长曾熙明，副组长颜学卿、李永茂、吴永诚、李佛、张诗鉴。下设设办公室，主任梁春泉，副主任官长发、黄春泉、陶光耀。1959年4月，根据省工商联关于统一名称的建议，更名为南平专区工商界加强改造积极服务领导小组，组长曾熙明，副组长颜学卿、李永茂、李佛、张诗鉴，下设办公室。1960年8月更名为南平专区工商界加强改造积极促进委员会，原任组长、副组长改称主任委员、副主任委员，以上领导人均为兼职。1966年“文革”开始后组织停止活动。

中国共产党第十一届三中全会后，随着党的统战政策的全面落实，1982年2月，设立了地区一级工商联组织机构——福建省工商联驻建阳地区工作组，组长陈恭。根据福建省委闽编[1985]120文件精神，1985年4月成立福建省工商联建阳地区办事处，主任李永茂。1988年底，地区从建阳搬迁回南平后，福建省工商联建阳地区办事处更名为福建省工商联南平地区办事处，直至撤地设市为止。现用名称福建南平市工商联于1995年南平地区撤地设市后启用。

1985年5月，原南平市（现延平区）工商业联合会正式恢复组织机构，干部编制4名。1985年至1987年，南平地区所属十县（市）工商联干部编制是：南平（现延平）6名，建瓯、浦城、邵武各5名，建阳、崇安各4名，顺昌、光泽、松溪、政和各3名，后光泽县增加地方编制1名，全区工商联干部编制合计50名。1984年11月，地区办事处又新增编制4名，合计8名。1988年9月，各县（市）工商联相继恢复部分乡镇工商联和分会。1996年12月，根据中共南平市委机构改革的通知，市工商联（总商会）机关行政编制8名，工勤人员事业编制1名，内设会员事务科、经济联络科两个科（室）。